含有表面活性剂的有机溶剂与蛋白质的水溶液接触后，表面活性剂分散于有机溶剂相和料液两相界面，同邻近的蛋白质分子发生静电吸引而变形，接着两界面形成含有蛋白质的反胶团，然后扩散到有机相中，从而实现了蛋白质的萃取。由于进入有机相的生物大分子被表面活性剂所屏蔽，从而避免了与有机溶剂直接接触而引起的变性、失活。反萃取时，收集有机相后，加入少量纯水，直接添加盐类或者改变水相条件，使蛋白质从有机相中返回到水相中，实现反萃取过程。

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